Характеристика генетической структуры стада герефордской породы по STR-локусам

Abstract

В статье представлена характеристика генетической структуры стада герефордской породы по 15 STR-локусам нуклеотидных последовательностей ДНК. Материалом для исследования послужили ткани уха 30 тёлок из ООО «Бизон» Тюменской области. Набор маркеров для анализа включал 15 микросателлитов – BM 1818, BM 1824, BM 2113, CSRM 60, CSSM 66, ETH 3, ETH 10, ETH 225, ILST 006, INRA 023, SPS 115, TGLA 53, TGLA 122, TGLA 126, TGLA 227. Для достижения поставленной цели были определены частоты встречаемости аллелей, уровень полиморфности, наблюдаемая и ожидаемая гетерозиготность, индекс фиксации Райта. В результате обследования установлено, что 15 микросателлитных локусов включали в себя 104 аллеля, частоты которых колебались в диапазоне от 0,017 до 0,683. Среднее число информативных аллелей на локус составляло 6,93, эффективных аллелей – 4,96 или 71,6 %. Увеличение числа аллелей в локусе сопровождалось повышением уровня полиморфности, что подтверждает положительный коэффициент корреляции, величина которого составляла 0,794 (p<0,001). Наибольшим уровнем полиморфности характеризовался локус TGLA 53 с числом эффективных аллелей, равным 10,0, а наименьшим – локус TGLA 126 с числом эффективных аллелей 2,3. Анализ генетического разнообразия показал, что наибольшая наблюдаемая гетерозиготность была в локусе TGLA 53 – 0,950, а наибольшая ожидаемая в локусе CSSM 66 – 0,860. Средний уровень наблюдаемой гетерозиготности составлял 0,783, ожидаемой – 0,691, индекс фиксации Райта имел величину, равную минус 0,133, что указывает на высокий уровень генетического разнообразия стада герефордского скота.

The article presents the characteristic of the genetic structure of the Herford breed herd at 15 STR-loci of nucleotide DNA sequences. The material for the study was the ear tissue of 30 calves from LLC «Bizon» of the Tyumen region. The set of markers for analysis included 15 microsatellites – BM 1818, BM 1824, BM 2113, CSRM 60, CSSM 66, ETH 3, ETH 10, ETH 225, ILST 006, INRA 023, SPS 115, TGLA 53, TGLA 122, TGLA 126, TGLA 227. To achieve this goal, the frequencies of allele occurrence, polymorphism level, observed and expected heterozygosity, Wright fixation index were determined. The survey found that 15 mic-rosatellite loci included 104 alleles, whose frequencies ranged from 0.017 to 0.683. The average number of informative alleles per locus was 6.93, effective alleles – 4.96 or 71.6 %. The increase in the number of alleles in the locus was accompanied by an increase in the level of polymorphism, which confirms a positive correlation coefficient, the value of which was 0.794 (p<0.001). The highest level of polymorphism was characterized by the TGLA 53 locus with the number of effective alleles equal to 10.0, and the smallest – the TGLA 126 locus with the number of effective alleles 2.3. Analysis of genetic diversity showed that the greatest observed heterozygosity was observed in the TGLA 53 locus – 0.950, and the greatest expected in the CSSM 66 locus – 0.860. The average level of observed heterozygosity was 0.783, the expected level was 0.691, the Wright fixation index had a value of minus 0.133, which indicates a high level of genetic diversity of the Herford herd.